اساسا برای تعیین شاخص بهره وری مالمکوئیست، فرض داده های غیر منفی ضروری است اما درمسائل دنیای واقعی، بعضی از داده ها منفی هستند. در این مقاله، شاخص بهره وری مالمکوئیست در تحلیل پوششی داده ها با داده های منفی را مجددا محاسبه می کنیم لذا ابتدا مدل کارایی غیر شعاعی با داده های منفی را معرفی می کنیم و سپس از آن در اندیس بهره وری مالمکوئیست استفاده می کنیم و در آخر این روش جدید پیشنهادیمان را با یک مثال عددی می آزماییم و آنرا برای تحلیل بهره وری 28 شرکت سیمانی واقع در بورس ایران بین  سالهای 1391 و 1392 بکار می بریم زیرا بعضی از این شرکتها دارای خروجی منفی هستند. در تحلیل و بررسی مثال مورد مطالعه، ما نشان می دهیم که اندیس بهره وری مالمکوئیست شرکت ها به درستی محاسبه شده است و به سبب اینکه اندیس مالمکوئیست، به وسیله کارایی محاسبه می شود بنابراین می توان نتیجه گرفت که کارایی شرکت ها با داده های منفی نیز به درستی محاسبه شده است.